Nhân vật chính của Cuộc chiến ngầm là Han Jae-ho (Sol Kyung-gu) - tên tội phạm sừng sỏ đang phải thụ án tù. Trước đó, hắn là “cánh tay phải” của ông trùm buôn bán ma túy núp bóng doanh nghiệp khai thác hải sản Ko Byung-chul (Lee Kyeong-yeong).

Suốt thời gian thụ án, Han Jae-ho để ý tới Jo Hyun-soo (Im Si-wan) - gã thanh niên bất cần, liều lĩnh, không ngại đối đầu những kẻ máu mặt. Trải qua nhiều biến cố, mối giao tình giữa hai nhân vật trở nên tốt đẹp hơn. Khi cả hai mãn hạn tù, Hyun-soo thu nạp Jae-ho làm đàn em chí cốt.

Song, bản thân Hyun-soo vốn là cảnh sát chìm. Anh tiếp cận Jae-ho nhằm thâm nhập và triệt phá đường dây buôn bán ma túy. Càng dấn sâu vào tổ chức, mối quan hệ giữa hai người càng xảy ra nhiều biến cố mà cả phe cảnh sát lẫn tội phạm đều không thể ngờ tới.